Pochází z Uherského Brodu. Během studia absolvovala několikaměsíční klinickou stáž na Università degli Studi di Roma Tor Vergata, mimo jiné na odděleních kardiologie, kardiochirurgie a na urgentním příjmu. Po studiích nastoupila na kardiologické oddělení Nemocnice Na Homolce, kde nyní působí v týmu profesora Petra Neužila.
Specializuje se na intervenční a akutní kardiologii. Intervenční kardiologie umožňuje léčit například infarkt myokardu nebo chlopenní vady katetrizační cestou bez nutnosti pacienta operovat. Aneta Dvořáková je jednou z mála žen, které se v Česku tomuto oboru věnují.
Je také členkou České asociace intervenční kardiologie a České asociace akutní kardiologie. Ve své vědecké činnosti se soustřeďuje na oblast alergických reakcí na kovy v kontextu srdečních implantátů. Je spoluautorkou knihy Praktický průvodce současnou kardiologií.
